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微bck体育app怎么下载宏基因组学及后期数据分析专题培训班通知
点击次数:4011 发布日期:2019-9-27  来源:本站 本站原创,转载请注明出处
各有关单位:
微bck体育app怎么下载作为地球环境中的一大类bck体育app怎么下载群体,每种微bck体育app怎么下载都有其独特的功能。微bck体育app怎么下载学(microbiology)作为bck体育app怎么下载学的分支学科之一,在许多学科领域都发挥着举足轻重的作用。作为国内最大的综合性微bck体育app怎么下载学研究机构,为推动我国微bck体育app怎么下载学的发展,提高从业人员的技术水平,更好地与微bck体育app怎么下载研究领域的专家学者们分享、交流在微bck体育app怎么下载研究领域中的心得、经验。应广大行业工作者的要求,由中科成创(北京)bck体育app怎么下载技术有限公司举办“bck体育app怎么下载信息学最新技术-微bck体育app怎么下载宏基因组学及后期数据分析专题培训班。培训班采用理论和演示相结合的教学形式,使学员在短时间内对微bck体育app怎么下载研究中涉及的知识和方法得到进一步地提高,同时学员与授课专家进行现场交流与咨询,探讨学员在平时工作、研究中的瓶颈问题。与同行交流以拓宽自己的研究思路,共同探讨和挖掘微bck体育app怎么下载资源的科学研究价值和应用前景。具体事宜通知如下:
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一、培训目标及特点:
本培训以微bck体育app怎么下载宏基因组学技术的应用与数据分析为主题,精心设计了具有前沿性、实用性和针对性强的理论课程和上机课程。培训邀请的主讲人均是有理论和实际研究经验的人员。学员通过与专家直接交流,能够分享到这些顶尖学术机构的研究经验和实验设计思路。学员通过集中专题学习后能够扩展思路,在研究技术方面领悟更多。
二、授课专家:
主讲专家来自中科院科研机构的高级专家,拥有丰富的科研工作经验,长期从事bck体育app怎么下载信息学方面的项目研究,发表Nature, Nature Cell Biology, Molecular Cell等杂志40多篇。具有资深的技术底蕴和专业背景,目前承担国家科技部、国家自然基金委和市科技新星项目等多项课题。
三、培训对象:
大中专院校bck体育app怎么下载信息、bck体育app怎么下载计算、生命科学、医学、化学、农学、计算机科学、数学类专业的课程负责人、一线教师、教研室骨干人员、教学管理人员;科研单位从事bck体育app怎么下载、生命科学、微bck体育app怎么下载研究的相关人员;bck体育app怎么下载、医药、化学及相关企业的领导与技术骨干。
四、时间地点:2019年11月28日—12月1日??江苏 南京(时间安排:第1天报到,授课3天)
五、培训内容:
理论内容:
一、宏基因组学
1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING
1.1. 测序平台、引物设计及区域选择不同测序平台、针对细菌、真菌不同微bck体育app怎么下载实验设计
1.2. 测序量及采样建议
针对水体、粪便、土壤、物体表面、口腔等不同生境
1.3. 分析流程图
数据收集、数据预处理、数据分析
1.4. 结果解析
1.4.1 OTU聚类
1.4.2 物种注释
1.4.3 物种分布情况
1.4.4 样品复杂度分析:α多样性
Coverage
Chao指数
ACE指数
Shannon曲线
Richness rarefaction曲线
1.4.5 多样品比较分析:β多样性
样品间物种丰度热图
排序分析:
PCA分析
PCoA分析
NMDS分析
Unifrac分析
样品聚类分析
2. DSS (direct?shotgun?sequencing)法
2.1. 分析流程
2.2. 功能注释分析
2.3. 代谢途径解析
二、宏转录组学
1 介绍
2 物种组成、功能及代谢途径分析
宏基因组优势菌分析
1.泛基因组分析
2.宏基因组中的优势菌株单基因组分析
上机实习:
一、宏基因组中的优势菌株单基因组常规分析流程
1.原始数据评估 (fastqc
2 基因组拼接、画图(CGview等)
3 功能注释 (KEGG、CARD、Resfinder等)
4 进化树分析 (MEGA、evolview
5 多菌株泛基因组分析 (PanGP)
二、宏基因组学(16S部分)介绍以及上机操作
1.Virtual?box?及Qiime2 安装
2.Linux基础知识介绍
3.Qiime2:数据处理,
质控,
生成feature
进化树构建,
多样性分析,
差异分析,
物种注释
三、R语言基础及宏基因组相关统计分析
1.常用基本命令
变量赋值
文件读写
常用的统计函数
2.差异OTU及差异菌群分析
wilcox检验
3.相关性检验
差异OTU与样本临床信息相关性检验
4.alpha多样性
5.beta多样性
6.PCoA
7.机器学习
逻辑回归
随机森林
svm
六、报名办法及费用:?
每人¥3980元(含报名费、培训费、资料费、上机费)
团队报名:4+1优惠。(5位其中1位免除费用)
食宿可统一安排,费用自理。各单位人员报名参加,报名回执表请回传至会务处即可。
如单位有内训需求,请将内训方案传至会务组,根据单位需求安排相应专家进行授课
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七、联系方式:??
联系人:张琦??177 4456 9660
报名邮箱:zkcc_BIS@vip.163.com
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二零一九年九月二十六日
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参考附件:报名回执表.doc
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